ImageJ-macros

Preliminary work:
Done by Julien using Imaris:
J'ai utilisé Imaris Cell pour cela. Ses images n'ont qu'un marquage. On pourrait envisager d'en faire 2 (elles sont en train d'essayer) mais on prend le risque d'augmenter le poids de l'image et que cela ne soit plus gérable avec Imaris.

Donc, je sors un marquage « cellule » avec un isosurface-like. En fonction de son état (écrasé, endommagé), on sort donc la spirale en entier ou en morceaux.
Ensuite je distingue les points (vesicles inside cell) en utilisant le même marquage.
Bon, de là on va s'en sortir, ce n'est pas trop un pb.
J'aurais pu utiliser d'autres outils de Imaris XT pour cela (en gros faire un isosurface, détecter les spots et ensuite restreindre les spots aux objets de l'isosurface).

Ce que je ne sais pas faire c'est découper mon ruban en spirale en tronçons de 200um de long. Et c'est ce qu'elles veulent faire.
Je peux le faire de façon très artisanale et fastidieuse.
On pourrait donc envisager soit de partir des objets 3D que sort Imaris et de découper cela en tronçons 3D de 200um de long, soit de découper l'isosurface en tronçons 3D et de le rerentrer dans Imaris pour restreindre les spots à ces différents tronçons.

Prelimnary work:
Done by Sylvain and Volker in Imaris and ImageJ:

We do not treat the problem of the supporting cells for the moment, they might be eliminated with the second staining.

1. Use Imaris to detect spots
2. Create a synthetic image from the spots (create a channel with constant value 65000 inside and 0 outside of the spots)
3. Create iso-surface from the green channel - edit - mask all in red channel
4. Transfer the synthetic image to ImageJ via the provided Imaris mechanism.
5. Run a min filter with radius 1 to decrease the size of the objects and avoid that objects touch each other in the projection
6. Calculate the MIP
7. Threshold the image and create a mask
8. Draw a line along the spiral in the projection and straighten the image
9. Re-threshold the image
10. Use the particle analyzer to add the selections of the hair cells to the roi-manager
11. Measure the cells from the roi-manager
12. Use a macro that counts the cells per x-distance of 200µ